С дня окончания первого сезона проходит четыре года. Горо подрастает и возвращается назад в родной город, где восстанавливается в Восточную среднюю школу Мифунэ. Там он встречает своих старых друзей Дайскэ, Рёту и Каору. Однако, прошло уже много лет, все они выросли и пошли разными путями. Бейсбол больше не является тем общим интересом, который всегда их сближал. В школьной бейсбольной команде между тем царит полный упадок и уныние, и возвращение Горо для команды оказывается как нельзя кстати....

Когда во времена гражданских войн на деревню маленькой Судзу напали бандиты, она должны была умереть в пламени горящего дома, но вместо этого перенеслась в будущее. Девочку удочерили, она стала Судзуко, забыла о страшном прошлом и начала спокойную жизнь. Однако не всё так благополучно в безопасной Японии будущего: и подросшая Судзуко вместе со своим младшим братом Сю попала во взрыв газа. Вновь оказавшись в смертельной опасности от огня, девушка совершила ещё один прыжок во времени и вернулась...

...

Далёкое будущее. В Землю врезается метеорит и приносит за собой опасную форму жизни. Вирус, известный как M34, превращает людей в злобных монстров. Большая часть человеческой популяции уничтожена. Создаются государственные учреждения для борьбы с вирусом. NOA, одна из таких групп, внедряет наномашины в тела своих солдат. Эта технология позволят им трансформироваться и бороться с инфекцией. К сожалению, вирус мутирует, и NOA уже не справляется. Теперь судьба мира находится в руках...

Обычный паренёк по имени Сёго Аояма имеет в своём распоряжении довольно необычную карту — «Красноглазый чёрный дракон». Однако Сёго лишь хвастается карточкой, ведь в дуэлях он не участвует. К нему на помощь приходят Юги и Кацуя. Их цель — научить этого парня играть в «Дуэльных монстров»!...

Альтернативное окончание оригинального сериала. «NERV» подвергается нападению «SEELE», и Рей становится единой с Лилит. Вместе с Копьём Лонгиния и комплементированной Евой, Синдзи должен будет решать, прекратить ли человечеству своё существование. Он должен принять решение сейчас, если он хочет остаться в живых или погибнуть, и его решение повлияет на всё человечество....

...

Эта история об одиночестве, о семье, о связанных с ней воспоминаниях. Последний житель затопленного города — безымянный старик. По мере прибывания воды, он достраивает свой дом из кубиков, этаж за этажом. И однажды ныряет в воду, чтобы достать курительную трубку, которую он случайно уронил, где-то на нижних этажах....

Новая OVA более подробно расскажет нам об отношениях Няруко и Махиро, а также, вероятнее всего, станет заключительной....

Бесконечная война между силами Восточной и Западной армий уносит миллионы жизней солдат с обеих сторон и грозится полностью уничтожить расу Солноидов. Экипаж корабля «Звёздный лист» самовольно покидает поле боя и сталкивается с антивоенной организацией «Конк». Для них открывается страшная тайна истинной цели затяжного конфликта. Есть только один способ остановить эту войну......