После событий второго фильма Синдзи Икари пробуждается спустя 14 лет. Он не понимает, что происходит, но постепенно ему открывается пугающая истина. В результате Синдзи придётся снова сражаться с Ангелами вместе с неожиданными союзниками, преодолевая сопротивление бывших друзей. И снова судьба бросит его на передовую войны и заставит принимать решение за всё человечество. Что же он выберет в этот раз?...

Почти на всех планетах во вселенной, в том числе и на Земле, люди устали быть под гнётом Механизированной империи и устроили восстание. Тэцуро Хосино уже несколько лет участвует в неутихающей войне на Земле. Люди проигрывают, а Тэцуро находится в отчаянии, но вдруг видит, как на Землю прибывает Галактический экспресс 999, а через некоторое время ему в руки попадает сообщение от Мэйтел с просьбой вернуться на 999-й. С боем он кое-как прорывается на станцию и отбывает на поезде в своё новое...

Некий господин Валенстинос нанимает команду крушителей для транспортировки смертельно больной девушки по имени Элена Скорлан, наследницы одной из крупнейших индустриальных корпораций в галактике, едва не успевшей принять на себя бразды правления, на планету Миккола для проведения операции. То, что произойдёт в пути, — не ожидал никто: по неизвестным причинам, корабль отбрасывает от курса на миллионы световых лет, тело девушки и её сопровождающие исчезают с корабля в неизвестном направлении, а...

Молодая семья возвращалась из роддома в радостном предвкушении. Сатоми и Ясунори везли домой их новорожденную дочь Оринэ, когда внезапно вывернувший на встречную полосу грузовик лишил их надежд на совместное светлое будущее и оставил малютку Оринэ сиротой. Проходит 19 лет. Полиция до сих пор ведет следствие по делу многолетней давности и буквально преследует Оринэ. Такое положение дел совершенно не устраивает девушку, и однажды она получает предложение о помощи от представителя теневой...

После того, как Макото Юки перевелся в частную академию Гэккокан, на него напал странный монстр, называемый Тенью. Он пробудил в юноше необычную силу, позволяющую вызывать Персону. Увидев большой потенциал Макото, члены секретного школьного клуба SEES, ведущие борьбу против этих загадочных существ, предлагают ему присоединиться к ним. Всегда и от всего отстраненный Макото равнодушно принимает предложение, однако со временем он начинает чувствовать крепкую связь со своими новыми товарищами....

...

...

Тошико Эй и её семья — жители Токио. Отец девочки — уважаемый и квалифицированный мастер по стеклу, поэтому семья довольно обеспеченная. Но вскоре семейство вынуждено столкнуться с многочисленными трагическими трудностями из-за Второй мировой войны....

С момента последней крупной схватки с Фестумами минуло 2 года. Жители острова Тацумия постепенно возвращаются к своей прежней размеренной жизни. Казуки Макабэ, ослепший с тех пор, с каждым днём всё больше теряет веру в обещание, данное ему Соши прямо перед своим исчезновением, что он вернётся, и всё вновь станет по-прежнему. Но всё меняется однажды ночью с появлением неопознанной подводной лодки в бухте острова Тацумия, на борту которой оказывается таинственный юноша по имени Мисао Курусу,...

Альтернативный вариант знакомства Гоку, Тэншинхана и Чаотцу, а также проведения 23-го турнира Тэнкаичи....