События аниме разворачиваются в недалёком будущем, где мир населён репликантами, созданными выполнять работу любой сложности. Является предысторией фильма «Бегущий по лезвию 2049»....

После событий первого сезона прошло полгода. Друага повержен, монстры Башни исчезли и период мира и процветания снизошёл на людей. Джил и Фатина, пережившие крушение Башни, пытаются жить дальше, по-прежнему пытаясь понять причины предательства Нибы и Каи. Но всё меняется, когда они спасают загадочную девушку от группы солдатов. Её зовут Кай, и она, возможно, является ключом к великой тайне, спрятанной за Башней. Вооружённый опытом предыдущего визита, Джил готовится ещё раз взобраться на Башню…...

Говорят, что каждые несколько лет наступает «Лето Ану». Во время такого лета, благодаря божественной силе небесного бога Ану, все демоны, обитающие в Башне Друаги, теряют свою силу. Армия страны Урук начала вторжение в Башню, чтобы уничтожить монстров. Они укрепляют свои позиции внутри Башни, и пытаются добраться до верхних уровней. Известно, что сейчас идёт третье Лето Ану – идеальное время для начала миссии по подавлению монстров Друаги раз и навсегда. Однако армия Урука не единственные люди...

Лунная колония в недалёком будущем. На Луне спит небожительница, которой, возможно, несколько тысяч лет. Сотрудники крупной корпорации исследуют это неземное существо и опасаются, что Спящая может уничтожить Землю. Тем временем на Луну прибывает команда наёмников, один из которых был влюблён в клона Спящей, попавшего на Землю и погибшего там......

Девятилетнюю Сумирэ забрали из приюта и везут на поезде в таинственную лабораторию Иуды для изучения её способностей к ясновидению. Девочка понимает, что в лаборатории её не ждёт ничего хорошего и решает сбежать. Во время побега Сумирэ случайно освобождает подростка по имени Икуро Хасидзава, в которого вживлён паразит Бао — самое грозное биологическое оружие, которое лаборатория Иуды когда-либо создавало. Икуро сбегает вместе с Сумирэ, однако профессор Касуминомэ не может просто так оставить...

Ночь. Улицы, озарённые неоновым светом. Банды Токио. Днём это — оживлённый и людный мегаполис, но многие даже представить себе не могут, что творится здесь по ночам. Ночной город превращается в средоточие всех людских пороков: разборки уличных банд, секс, беспредел, разбой и полное беззаконие. Но это лишь цветочки. В действительности ночной Токио поделён на районы, и в каждом таком районе — свои влиятельные представители. Кай — славный малый из группировки «SARU». Такой статус он заслужил среди...

В Эргастулуме, городе теней, полном мелкими воришками и ушлыми парнями, купленными копами и дешёвыми шлюхами, то и дело случаются вещи, к которым даже эти отбросы общества не хотят быть причастными. Именно в этом забытом Богом городке разворачивает свою деятельность контора «мастеров на все руки» — «Бенрия». Ник и Уорик готовы позаботиться обо всех сомнительных делишках, разумеется, за соответствующую плату. Успешно выполняя один заказ за другим, эта парочка без особых проблем выживает в...

...

После окончания войны с Ганделией наступают мирные дни. Однако спустя год Дэну начинают сниться кошмары о загадочной персоне по имени МагМелл. Помимо этого у Драго возникают проблемы с контролем своей силы после последней эволюции, из-за чего он призывает загадочного мектогана по имени Зентон. На беду в Бакуган Интерспейс появляются новые звёзды: Анубиас и Селлон, способные сбросить Дэна с позиции сильнейшего бойца Бакуган....

Новая Вестроя была спасена, и «Отчаянные бойцы» уже было расслабились, как вдруг появляется Рен Кролер с Гандэлии, который пытается перетянуть на сторону своей планеты «Отчаянных бойцов». Рен убеждает их в том, что ему нужна помощь, дабы защитить свою планету от нифианцев. Дэн и его друзья охотно верят ему, но в это же время появляется принцесса Фабия с планеты Нифия, которая рассказывает, что настоящие враги «Отчаянных бойцов» — это гандэлианцы, а нифианцы — те, кому действительно нужна...