В культовом мультсериале, главные герои Сатоши и Го, а также Пикачу, путешествуют по миру, в частности, по всем регионам, которые появились в основной серии (от Канто до Галара), и встречаются с покемонами из каждого региона, преследуя свои цели. Сатоши продолжает преследовать свою мечту в попытке завоевать титул мастера покемонов, участвуя в серии World Coronation Series, в надежде однажды провести официальный матч с правящим монархом Леоном. Го, у которого была роковая встреча с Мью, когда...

...

Сакаки, лидер команды «R», находит сбежавшего Мьюту в одном из отдалённых районов региона Джото и собирается вновь поймать его, похищая и используя в качестве приманки его подопечных, покемонов-клонов. В это время Сатоши и его друзья попадают в плен к новому члену команды «R» — Домино. Начинается битва за жизнь, во время которой Мьюту предстоит понять, есть ли у покемонов, созданных с помощью науки, предназначение в жизни....

...

Мальчик по имени Сатоши отправляется в поездку, чтобы стать мастером покемонов, с его первым покемоном Пикачу. В его путешествии к нему присоединяется Такэши — одержимый девочками горный тренер покемонов, и Касуми — пацанка, водный тренер покемонов, которая, возможно, влюблена в первого. Сатоши с командой проезжают различные области, включая Канто, Оранжевые острова и Дзёто, и затем принимают там участие в «Лиге покемонов». По пути они сталкиваются с обособленной организацией под названием...