Действие фильма происходит на современном корабле военно-морских сил обороны Японии “Эгида”. На борту судна было найдено тело военнослужащего без левой руки. Поступила информация о том, что опасный шпион “X” проник на корабль, тем самым угрожая безопасности всей страны. Но диверсант еще не догадывается, что вероятность успеха его операции крайне мала, ведь за дело берется прославленный детектив Конан. Юный сыщик в силах распутать самый сложный заговор, спасти жизни дорогих ему людей и поймать...

История начинается с угроз против губернатора Токио. Вскоре, лишь с помощью умения Конана быстро мыслить и предсказывать любые смертельные исходы, удаётся предотвратить взрыв в туннеле метро. Конан получает информацию, что возможна связь преступника с деревней, которая была перенесена из-за строительства дамбы. И великому детективу приходится мчаться со всех ног, чтобы остановить преступника перед тем, как он осуществит следующую атаку....

Шуичи Акай стал мишенью таинственного снайпера так же, как и Масуми Сэра. Токио в панике, жители боятся попасть под огонь снайпера, о котором ничего неизвестно. Почему под прицелом оказалась Сэра? Сможет ли Акай выжить в этой передряге? Джоди Старлинг и Субару Окия также втянуты в происходящее. Способностям Конана предстоит новая проверка: сможет ли он отыскать и арестовать преступника?...

Конан с друзьями идёт в новый Токийский аквариум. Там, под колесом обозрения, он замечает девушку с разноцветными глазами. Она не помнит ни своего имени, ни своего прошлого. Конан обещает помочь девушке и вернуть её воспоминания....

В результате сотрудничества с J-лигой профессиональных игроков Японии по футболу, Конан и его команда оказываются на огромном стадионе, где проходит матч между командами Токио и Осаки. Задача детективов - узнать, кто заложил бомбу замедленного действия на стадионе и предотвратить взрыв. И всё это нужно сделать до окончания матча!...

В здании телевидения Нитиури, в котором проходит Кубок Сацуки на соискание победителя в японском Хякунин Иссю, происходит взрыв. Инцидент приводит к большому волнению, и, хотя здание сгорает дотла, единственные люди, оставшиеся внутри, — это Хэйджи и Казуха. Но их спасает Конан, который вовремя успел на место происшествия. Личность и цели террориста неизвестны. В то время как из-за случившегося взрыва разгораются хаос и неразбериха, Конан сталкивается с загадочной незнакомкой, утверждающей, что...

...