Маму Сатоши, Ханако, похищает могущественный покемон Энтэй, которого люди долгое время считали вымышленным. Происходит это по вине Ми Сноудон — маленькой девочки, пожелавшей вернуть своих родителей. Задача Сатоши — спасти мать и вырвать девочку из её собственных мечтаний, ставших кошмарами по вине загадочных и неукротимых покемонов — аноунов!...

Сакаки, лидер команды «R», находит сбежавшего Мьюту в одном из отдалённых районов региона Джото и собирается вновь поймать его, похищая и используя в качестве приманки его подопечных, покемонов-клонов. В это время Сатоши и его друзья попадают в плен к новому члену команды «R» — Домино. Начинается битва за жизнь, во время которой Мьюту предстоит понять, есть ли у покемонов, созданных с помощью науки, предназначение в жизни....

Жадный коллекционер покемонов Гелардан стремится поймать Лугию, чтобы пополнить свою коллекцию. В качестве приманки для своей основной цели Гелардан тревожит и ловит Запдоса, Артикуно и Молтреса — легендарных покемонов-птиц, управляющих элементами молнии, льда и огня соответственно. Из-за этого природный баланс на Земле рушится, и жизнь на планете зависит от того, смогут ли таинственный «избранный» и Лугия объединить свои силы в попытке исправить сложившееся положение....

Мальчик по имени Юкинари спасает от охотника на покемонов хранителя леса Селеби, и он, используя свои силы, перемещает их обоих на 40 лет в будущее. Сбитого с толку Юкинари находят Сатоши, Касуми и Такэши, которые, разобравшись в ситуации, помогают ему добраться до целительного озера, чтобы вылечить пострадавшего покемона. Вскоре на них нападает член команды «R» по кличке «Мародёр в железной маске», который намерен поймать Селеби и с его помощью захватить мир. Сатоши и его друзьям предстоит...