Очередная угроза снова объявилась в Реальном мире! И на этот раз это Локомон — дигимон-поезд, спешащий попасть к порталу в Цифровой мир. Укротителям придётся в очередной раз спасти мир, а также успеть отпраздновать самый важный день не только для одного человека, но и для всей команды — день рождения Руки....

Фильм берёт своё начало после того, как Такато получает дигимона по имени Гилмон. Мальчик, собираясь на отдых в Окинаву, берёт с собой своего цифрового друга. Там, в Окинаве, они знакомятся с ещё одним укротителем — Минами. Пока друзья отдыхали на пляже, в Японии популярный компьютерный питомец превратился в вирус, заразивший большое количество компьютеров. Такато, выясняя причину такого внезапного заражения, постарается понять, почему другие дигимоны относятся к Гилмону враждебно и связан ли...

Такато Мацуда, обычный школьник, в свободное время любит поиграть с друзьями в карточную игру про дигимонов. Играют в неё не только при помощи карт, но и специального устройства, которое после загрузки карты повышает определённые характеристики дигимона. После очередной партии Такато обнаружил у себя в наборе новую, синюю карту. Активировав её, он получил дигивайс, а вместе с ним — дигимона по имени Гилмон. Вскоре, герои знакомятся с ещё двумя обладателями дигивайсов — Цзянь Лян Ли и Руки...

История рассказывает об Аптекаре, путешествующем по феодальной Японии. Занимается он не столько торговлей, сколько борьбой с мононокэ, разгневанными духами. Единственным способом борьбы с мононокэ является необычный клинок Аптекаря, для применения которого необходимо сперва раскрыть «Форму» мононокэ, затем узнать «Суть» произошедших ранее событий и наконец понять «Причину» того, зачем пришел дух. И лишь после выполнения трёх этих условий страдающего мононокэ возможно будет освободить....